La vitamine B12 est une macromolécule comportant un noyau corrine presque plan, formé de quatre molécules de pyrrole, au centre duquel se trouve un atome de cobalt, et d’une structure benzimidazole-ribose-acide phosphorique liée à ce noyau.
L’ion cobalt situé au centre du noyau corrine peut fixer divers substituants :
- le cyanure, dans ce cas on obtient la cyanocobalamine
- le groupe hydroxyl, et on obtient l’hydroxocobalamine
- le groupe méthyl, et on obtient la méthylcobalamine
- un résidu adénosyl, le 5-déoxyadénosyl, et on obtient l’adénosylcobalamine.
Le cobalt présent au centre du noyau trétrapyrrolique peut se trouver sous différents degrés d’oxydoréduction, trivalent, divalent ou monovalent. Dans l’hydroxocobalamine, le cobalt est à l’état trivalent.
La molécule de vitamine B12 sous la forme de cyanocobalamine et d’hydroxocobalamine est stable alors que, sous forme d’adénosyl et de méthylcobalamine, elle l’est moins.